Die Höhle, die die Christen als Geburtsstätte Jesu ansehen, wurde ab dem 2. Jahrhundert verehrt. Kaiser Hadrian errichtete 135 ein Adonisheiligtum über ihr. Kaiser Konstantin der Große und seine Mutter Helena ließen an der Geburtsstätte eine Memorialkirche errichten, die sie Jesus Christus weihten. Der Bau muss um 334 vollendet worden sein. Er war eine fünfschiffige, 27 Meter lange Basilika mit einem Atrium, ohne Vorhalle und einem achteckigen Ostabschluss. Das Oktogon war 17 Meter breit und hatte in der Mitte eine 4 Meter breite Öffnung, durch die man in die Geburtsgrotte hinab sehen konnte. 386 kam der heilige Hieronymus nach Bethlehem und lebte in einer Grotte neben der Geburtsgrotte, wo er seine lateinische Bibelübersetzung Vulgata verfasste. Die konstantinische Basilika ist – nachdem sie im Samariteraufstand von 529 beschädigt wurde - im späten 5.oder frühen 6. Jahrhundert vollständig abgerissen worden. Sie wurde von Kaiser Justinian I. durch einen nur wenig größeren Neubau – die heutige Geburtskirche – ersetzt. Der Neubau wurde der heiligen Gottesmutter geweiht. Während andere Kirchenbauten im Hl. Land 614 von den gegen Byzanz vorrückenden Persern zerstört wurden, blieb diese Kirche verschont und steht bis heute noch. Vermutet wird, dass ein Relief über dem Eingangstor, das die Heiligen Drei Könige in orientalischer Kleidung darstellt, der Grund dafür war. Die Kreuzfahrer restaurierten die Kirche gründlich (1161-1169). Auch die Mamelucken ließen die Kirche im 13. Jhdt. stehen. Unter den Türken, die die Mamorverkleidung abmontierten, verfiel die Kirche immer mehr bis die griechisch-orthodoxe Kirche 1670 begann, die Kirche zu renovieren. In der Folge kam es zu Auseinandersetzungen zwischen den einzelnen Konfessionen über die Verwendung des Gebäudes, sodass die Hohe Pforte 1757 eine Regelung festsetzen musste. Der zufolge gehört der Hauptaltar und die rechten Seitenaltäre den Griechen, zwei Seitenaltäre links den Armeniern. Den Katholiken (Lateinern) blieben neben dem Dreikönigsaltar und dem Stern untern dem Geburtsaltar nur die Hieronymus-Grotten und der Platz links von der Kirche, wo sie sich eine eigene Kirche bauen durften. Während der Zweiten Indifada kam es im April 2002 zu einer 39 Tage dauernden Belagerung der Anlage durch die israelische Armee, nachdem sich bewaffnete palästinensische Kämpfer in die Geburtskirche geflüchtet und dort verschanzt hatten
